Diversos estudios antropológicos han encontrado muestras importantes de identidad de género cruzada perfectamente admitida por distintas culturas indígenas. Durante el primer cuarto del siglo pasado, se recogieron extensos datos sobre prácticas tradicionales en varias tribus de indios norteamericanos. En casi cada parte del continente parece haber habido, desde los tiempos más antiguos, personas que se vestían y adoptaban las funciones y costumbres propias del otro género.

Entre los indios Yuma existió un grupo de personas, originalmente varones, llamados Elxa que se consideraba que habían sufrido un "cambio de espíritu" como resultado de sueños que generalmente ocurrían durante su pubertad. Un chico o chica que soñaba demasiado con cualquier cosa "sufriría un cambio de sexo". Tales sueños frecuentemente incluían la recepción de mensajes de las plantas, particularmente la Maranta, a la que se atribuye la propiedad de cambiar el sexo. Si una Elxa, por el contrario, soñaba con un viaje, este sueño implicaba su ocupación futura con las tareas femeninas. Al despertar debía poner la mano en su boca riendo con voz femenina y así su mente cambiaría de hombre a mujer. Los otros jóvenes lo notarían, y empezarían a tratarle ya como mujer.

En su infancia, el equivalente opuesto de las Elxa, los Kwe'rhame, juegan con juguetes de niño. Tras la pubertad, nunca aparecerá la menstruación, sus caracteres sexuales secundarios no se desarrollarán, y en algunos casos lo harán de modo masculino. Una inequívoca forma de hermafroditismo o virilización.

En la cultura Yuma se creía que la Sierra Estrella tenía un travestido que vivía en su interior, y que por lo tanto esas montañas tenían el poder de transformar sexualmente a las personas. Los signos de tales transformaciones aparecían pronto, en la niñez, y los más viejos sabían por las acciones de un niño, que cambiaría su sexo. Berdache era el término para aquellos que se comportaban como mujeres. Las Berdaches en la cultura Yuma se casaban con hombres y no tenían hijos propios. La tribu también tenía a mujeres que pasaban por hombres, vestían y se comportaban como hombres, y se casaban con mujeres.

Entre los indios Cocopa, se llamaba eL ha a quienes, nacidas varones, habían mostrado un carácter femenino desde la infancia. Se las describe hablando como niñas, buscando la compañía de niñas, y haciendo las cosas de modo femenino. Los llamados war'hemeh juegan con niños, hacen arcos y flechas, tienen la nariz perforada, y luchan en las batallas. Un joven podría enamorarse de un war'hemeh, pero a ellos no les interesa, sólo quieren convertirse en hombres.

Entre los indios Mohave, los chicos destinados para convertirse en chamanes, sacerdotes y doctores que usan la magia y los trances místicos para curar a los enfermos, para adivinar el futuro, y para controlar los acontecimientos que afectan el bienestar de las personas, suelen colocar su pene hacia atrás entre sus piernas y se muestran así a las mujeres diciendo, "Yo también soy una mujer, yo soy igual que tú".

Para los chicos Mohave que iban a vivir como mujeres, había un rito de iniciación durante el décimo o undécimo año de vida. Dos mujeres levantaban al joven y lo sacaban al exterior. Una se ponía una falda y bailaba, y el joven la seguía e imitaba. Las dos mujeres le daban al joven su nuevo vestido y le pintaban la cara. Las alyhas, se debían comportar como mujeres tomando desde entonces un nombre femenino e insistiendo en que al pene se le llame clítoris, a los testículos, labios mayores, y al ano, vagina. Los hwane, se comportarán como hombres, tomarán un nombre masculino y se referirán a sus propios genitales con terminología masculina.

Una alyha, después de encontrar marido, empezará a imitar la menstruación; tomará un palo y se arañará entre las piernas hasta hacerse sangrar. Cuando decida quedar en estado, interrumpirá las menstruaciones, antes del "parto" beberá una preparación hecha con ciertas legumbres que le provocará un intenso dolor abdominal al que se referirán como "dolores del parto". Le seguirá una defecación violenta que se asumirá como un aborto y que será enterrada de modo ceremonial, tras lo que comenzará un período de luto por parte de los cónyuges.

Los estudios antropológicos que se han llevado a cabo, hacen mención de prácticas similares en otras tribus.

Entre los Navajo, a las personas llamadas nadlE, un término usado para travestidos y hermafroditas indistintamente, se las denominaba con el tratamiento utilizado para mujeres de su relación y edad, y se les concedía el estatus legal de mujeres.

Las i-wa-musp de los indios California, formaban una clase social específica. Vestidas como mujeres, realizaban tareas femeninas. Cuando un indio mostraba el deseo de eludir sus deberes masculinos, se situaba en el círculo de fuego, donde se le ofrecía un arco de hombre y un bastón de mujer. Eligiendo uno de los dos, marcaría su futuro para siempre.

Entre los indios Pueblo se llevaba a cabo la siguiente práctica; se escogía un hombre muy potente, uno de los más viriles; se le hacía masturbarse muchas veces al día y montar a caballo casi continuamente. La debilidad e irritabilidad de sus órganos genitales que se producía al montar y a causa de la gran pérdida de semen le provocaba una atrofia de los testículos y del pene, la caída del vello facial, la pérdida de la profundidad y timbre de la voz, y su inclinación y disposición se hacía femenina. El "mujerado" perdía su posición en la sociedad como hombre, y sus esfuerzos se dedicaban sólo a asimilarse totalmente al sexo femenino, y a librarse hasta donde fuese posible de todos los atributos mentales y físicos de masculinidad.

Un médico del Ejército de los Estados Unidos describió a una persona así de modo muy gráfico: "Lo primero que atrajo mi atención fue el extraordinario desarrollo de las glándulas mamarias, que eran tan grandes como las de una mujer embarazada. Me dijo que había alimentado a varios lactantes cuyas madres habían muerto, y que les había dado suficiente leche proveniente de sus pechos (un fenómeno que desde un punto de vista científico resulta poco fiable, aunque la apariencia física fuese innegable)".

Las tribus indias de los Pendientes en la oreja (o Kalispel) y los Cabezas planas (o Salish), radicadas en el oeste de Montana ilustran los patrones de la participación de mujeres en la guerra, frecuentes en las grandes llanuras, y que van desde los roles ceremoniales de batalla, hasta la implicación activa como guerreros y líderes.

Los jesuitas Pierre Jean De Smet, Nicholas Point, y Gregory Mengarini llegaron a Montana en 1841 y trataron de captar a los Cabezas planas y a los Pendientes en la oreja a sus misiones (tal y como antes hicieron con nativos de Paraguay). En lugar de ello, acabaron por acompañar a los supuestos conversos en sus correrías de caza de búfalos y en sus luchas contra sus enemigos. Las tribus, por su parte, agradecieron la llegada de los misioneros, esperando que les proporcionasen ayuda sobrenatural. Pero cuando los jesuitas comenzaron a exhortarles a cesar en sus danzas de guerra, en su salvaje obscenidad y en sus vergonzantes excesos carnales, su actitud cambió rápidamente y la colaboración de las tribus cesó, provocando el cierre de las misiones.

Los jesuitas estaban especialmente escandalizados por el papel activo que tomaban algunas mujeres en la guerra. Se unían a las danzas vestidas como guerreros y con frecuencia entraban en combate. Especialmente una mujer de los Pendientes en la oreja se había distinguido en la batalla y era reconocida como un gran líder. Su nombre indio era Kuilix, "La Roja", en referencia a una casaca de ese color que solía vestir, que probablemente fue parte de un uniforme británico. Para los blancos era conocida como Mary Quille, o Marie Quilax, y el padre Point la dibujó y pintó con su casaca y la describió en sus diarios y cartas. Los relatos de las hazañas de Kuilix fueron recogidos en la obra de Pierre Jean De Smet "Viajes a las Montañas Rocosas", publicada en 1844.